此车在使用过程中可将清洁和污染的内镜分层标明后置放，分为上下两层，上层为清洁区，下层为污染区。它的作用及优点是高效周转，避免交叉感染，方便、高效、安全的运转内镜到检查现场或内镜储藏室，有效防止内镜在转运过程中的二次污染和意外碰伤。内镜转运车的使用，方便了使用前及使用后的内镜转运，更快捷地方便了医务工作者，也保证了医疗安全。
内镜转运车是运送胃肠镜、支气管镜等软式内镜的容器，它可以起到将已消毒或污染的内镜在清洗消毒室与内镜诊疗室之间来回运送的作用，保证了内镜诊疗工作有序进行。目前临床上使用的内镜转运车需要人为去开盖，放置已污染内镜时容易对托盘盖造成污染，使托盘盖上附着患者的分泌物或排泄物。