1)浓度高，废水中残余的反应物、生成物、溶剂、COD等含量高。
2)化学合成反应的副产物多，无机盐含量高。pH值变化大，如果采用中和反应的话，消耗酸碱量大，成本高；如果采用萃取或提炼的方法，工艺流程复杂。废水成分复杂，具有生物毒性，难降解等。
目前，混凝法、微电解法、芬顿技术、吸附法等物化法是制药废水预处理,制药废水深度处理的方法。芬顿氧化工艺凭借反应条件较温和，设备简单，适用范围广，反应生成的羟基自由基可以迅速氧化降解多种有机物，水处理运行成本较低等优势被广泛应用。
芬顿反应是利用Fe2+与H2O2互相反应得到强氧化性的羟基自由基，实现废水中的难降解有机物快速去除的技术。光芬顿技术则是在芬顿的基础上引入光(UV)，形成光芬顿体系，克服了普通芬顿的缺点。
光芬顿技术不是普通芬顿与UV或 H2O2的简单组合，其是在UV高强光量子的激发下，Fe3+能够重新转化为Fe2+，光还原产生的Fe2+继续与H2O2反应，使羟基自由基产率增加，加速有机物的分解速率，从而实现系统的一个闭路循环和控制的反应。因此，将光芬顿作为难降解有机废水的预处理或最终深度处理方法，与其他处理方法(如生物法、混凝法等)联用，可以更好地降低废水处理成本，提高处理效率，拓宽该技术的应用范围。
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